在获得参赛资格的选手中，按照选手个人最好成绩，由快到慢依次分为S、申请达级区、A、B、C、D、E、F、G、H、J、K、L、M、N、P、R共17个区域，赛事当天选手按对应区域进行检录。分枪分区示意图如下
2026建发厦门马拉松赛继续采取严格的分枪分区检录和管理，要求所有参赛选手按照号码布上的信息，检录入场参赛。特殊情况下，前区可进入后区检录起跑（如A区可在B-P区起跑），不允许后区进入前区检录起跑（如不允许B区选手至A区起跑，以此类推），如违反则按照规则及规程进行处罚，务请所有参赛选手遵守。
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