根据《报名须知》的直通规定，共有2406名选手获得2025福马直通资格。
其中包括男子马拉松项目最好成绩在3小时（不含）以内的前2000名、女子马拉松项目最好成绩在3小时20分（不含）以内的377名、“为福马献策”创意提供者19名、“我与福马有个故事”征文获奖者10名。
根据《报名须知》的直通规定以下选手可获得直通参赛资格：
1.组委会邀请的精英选手；
2.本届赛事成绩直通名额设置最多为4000人，仅限马拉松项目。马拉松项目的选手，根据其“中国马拉松”信息平台可查询到的任意经田协认证为“A1类赛事”且举办日期在2023年1月1日至2025年8月27日（含）的赛事中，达到以下成绩可免于抽签，获得直通2025福州马拉松资格：
男、女马拉松项目各取最多2000人获得直通资格，如男、女马拉松项目获得入围资格的人数超过2000人，则相应项目取得入围资格的选手按成绩排名取前2000名获得直通资格。
3.其他特邀名额，如配速员、赞助商、合作伙伴、合作媒体等由组委会统一分配相关数量的参赛名额。
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